В рамках образовательной деятельности музей современных искуств имени С. П. Дягилева СПбГУ активно сотрудничает с другими подразделениями Санкт-Петербургского государственного университета, в том числе с факультетом искусств, факультетом свободных искусств и наук, высшей школы журналистики и массовых коммуникаций, институтом истории, институтом философии.
Музей является базой для проведения музейных и производственных практик для студентов всех уровней, обучающихся по образовательным программам «Искусствоведение. История искусств», «Арт-критика», «Кураторские исследования», «Реклама и связи с общественностью», «Музеология и охрана объектов культурного и природного наследия», «Музееведение» и прочие.